电子除垢仪的作用原理不同于以往任何物理化学除垢方法，其核心是一个调制信号发生器。采用独特的集成电路和信号处理技术，产生一种复杂频率的调制信号，通过信号电缆将该调制信号加在管道上，在管道内部产生一个分子力动态干扰场，作用于管道中的流体和溶于其中的溶盐分子，产生一种核化效应。 电子除垢仪而水内部聚集了过剩的正电荷，水中过剩的正电荷强烈排斥带正电的同性Fe+,阻止Fe+从金属管壁分离进入水中，（系统中产生的黄色锈水就是Fe+在水中呈现的颜色）。同时壁管上过剩的负电子也不断吸引带正电的Fe+，阻碍Fe+溶入水中，从而能使原有管壁上的Fe203(红锈）还原成具有极强耐腐蚀力的黑锈外膜Fe304。