藻类对循环冷却水系统的危害主要有：

(1)冷却塔中是藻类生长的理想环境，它们会在塔壁、水槽中、配水池里繁殖，通过碳的同化作用，借助阳光，使水中的CO2和HCO3 进行光合作用，并吸收碳作营养而放出氧。藻类的大量繁殖，会使水中溶解氧增加，腐蚀性也就随着增大。

(2)许多藻类在其细胞中产生具有恶臭的油类和环醇类，藻类死亡后成为污泥会产生臭味并使水变色。

(3)冷却塔的配水槽和喷嘴上也常因藻类繁殖，堵塞孔口，影响配水的均匀性使塔的冷却效率下降。塔壁上大片藻类脱落也可能造成系统堵塞。

(4)硅藻由于其细胞壁上充满着聚合的二氧化硅，将引起硅污垢

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